在確認沼氣脫硫設備系統安裝符合了流程要求之后，便可進行操作，運行時可按下述步驟進行∶

　　一、加水：

　　向貧溶液罐和富溶液罐中注入自來水（不向廢液罐中加水）。當兩個水箱的水位相等并到達溢流口時，可以進行下一步。

　　二、開泵：

　　同時，啟動貧液泵和富液泵，使系統中的液體循環。當再生塔水位達到溢流口時，貧液池和富液池

　　當水箱水位在3/4以上時（啟動泵后貧溶液箱和富溶液箱的水位會下降，此時需要補水），然后進行下一步。

　　三、調液位：

　　通過液位調節器和再生塔出口閥調節再生塔中的水位。調整要點：

　　1、再生塔的水位須低于溢流口5~10mm。

　　2、調整液位調節器，保障液位調節器中有適量的循環水。

　　3、硫磺泡沫溢流管一直有適當的溢流量。完成水位調整后，繼續下一步。

　　四、液體制備：

　　1、向混合罐中加入自來水或貧液。添加的水量應至少浸沒攪拌葉片，以促進液體攪拌以及堿和催化劑的完全溶解。

　　2、啟動攪拌電機。

　　3、向混合罐中緩慢加入純堿和催化劑（純堿和催化劑應充分溶解，不得結塊），以保持貧溶液罐中的pH值在8.3和8.5之間，以保障脫硫成果。

　　五、運行：

　　完成上述操作后，沼氣脫硫設備進入正式運行階段。在運行階段，主要通過檢測脫硫后氣體中硫化氫的濃度來確定是否加堿（液）。

　　當客戶沒有配套的自動檢測和加堿設施時，可采用連續滴加催化劑（用量約200~300g/天），

　　每天檢測一次脫除后的硫化氫濃度，每小時檢測貧液pH值（保持在8.3~8.5之間），然后確定加堿方法。

　　六、關機：

　　當需要停止沼氣脫硫設備運行時，先停泵，停泵后立即關閉再生塔回水閥。否則，再生塔中的大量堿液將返回貧液罐，導致循環液溢出，造成脫硫劑浪費。